MARI QUYẾT ĐỊNH RỜI KHỎI CHIẾN TRƯỜNG.
Ánh sáng từ Q.R. Signum mới của Wolfpack đã dịu đi, nhưng cả cơ thể lẫn lớp giáp của con Eva vẫn giữ nguyên kích thước khổng lồ ngay cả khi tòa tháp đã biến mất, dù hiệu ứng này ở cô không dữ dội bằng các Vật Mang Thiên Sứ.
Chiếc máy bay vận tải khổng lồ của Liên Hợp Quốc đang lượn vòng quanh chiến trường từ xa. Hệ thống đo lường của Wolfpack tạm thời kết nối lại và bắt đầu gửi dữ liệu. Các nhân viên của Nerv chi nhánh Hoa Kỳ chỉ biết câm nín kinh ngạc nhìn chằm chằm vào các chỉ số sinh trắc của Mari… và cả đoạn video về nữ phi công.
Khi ở bên trong tòa tháp, cô đã chia sẻ một dạng kết nối tâm linh nào đó với Shinji và Trois, và không gặp chút khó khăn nào trong việc truyền đạt suy nghĩ của mình. Nhưng giờ đây cô hoàn toàn không thể nói được—chỉ biết sủa lên như một con chó. Con robot hỗ trợ vẫn ở cùng cô bên trong khoang lái, bốn chân của nó gập sát vào thân, và nó đã truyền đi cảnh báo rằng cơ thể Mari đang đào thải một vài loại thuốc.
Để thiết lập một hình thức liên lạc nào đó với Mari, các nhân viên Nerv đã cố gắng chuyển đổi tín hiệu hình ảnh từ giao diện của cô thành văn bản trên màn hình liên lạc, nhưng kết quả vẫn không mấy rõ ràng.
Ngoại trừ những năng lực mới do Q.R. Signum của Wolfpack mang lại, những thay đổi của Mari không nằm ngoài dự đoán của đội ngũ y tế, và một cảm giác tội lỗi nặng nề bao trùm lấy các thành viên trong phòng điều khiển. Dửng dưng trước cảm xúc của họ, 「bầy sói」 hoang dại phớt lờ mệnh lệnh của đội ngũ và men theo địa hình tiến về phía nam.
Con Eva của Hoa Kỳ có chứa một vài cơ chế ngắt từ xa để phòng ngừa sự cố, nhưng khi con quái vật nổi cơn điên loạn, các hệ thống bên trong, giống như nội tạng của nó, đã vô hiệu hóa tất cả. Tuy nhiên, ngay cả khi quân đội Hoa Kỳ có cách nào đó khiến Wolfpack dừng lại, thì con Eva cũng đã trở nên quá to và nặng để họ có thể di chuyển.
Wolfpack chạy một mạch đến bờ biển phía nam của Novaya Zemlya rồi nhảy ùm xuống Biển Barents.
Khi được hỏi cô định đi đâu, câu trả lời của cô hiện lên trên màn hình: 「Đến chỗ Asuka.」
Một chú chó golden retriever lách mình qua đám đông và nhìn chằm chằm vào hình ảnh Mari trên màn hình. Cô gái dường như đã để ý thấy, bởi cô nói thêm: 「Momo gửi cho Ayanami Rei Số Sáu và Azuchi.」
Nói cách khác, cô muốn họ trả con chó về cho Rei Số Sáu ở đảo Hakone. Mari không biết rằng Số Sáu đã vượt quá vận tốc thoát và hiện đang mất tích.
Con Eva của Hoa Kỳ bơi về phía nam, đầu ngóc lên khỏi mặt nước. Chiếc máy bay vận tải bám theo cho đến khi con Eva tiến vào một vành đai bão, nơi những đám mây điện từ dày đặc đang tụ lại. Chiếc máy bay buộc phải quay đầu, và con quái vật biến mất vào những con sóng dữ. Không có vệ tinh, Nerv chi nhánh Hoa Kỳ đã mất dấu con Eva của mình.
Super Eva bay qua Bắc Băng Dương, nơi cực quang giờ đây tỏa sáng ngay cả giữa ban ngày. Trois cảm thấy việc sử dụng mạng lưới đường hầm sẽ không an toàn.
Trái tim xa xôi của Shinji đang truyền năng lượng cho con Eva, dù chỉ là một lượng khiêm tốn. Hiệu ứng của Q.R. Signum đã suy giảm, điều này có thể gây cản trở cho việc di chuyển qua các hành lang xuyên không gian.
Mặc dù bóng tối của Armaros đã rút vào bên trong lớp vảy, nửa sau mái tóc của Trois vẫn giữ màu đen. Nhưng có một sự tươi sáng đằng sau vẻ mặt vô cảm của cô, và mái tóc xanh nhạt của cô chuyển tiếp một cách mượt mà sang màu sẫm hơn khi nó trôi nổi trong LCL.
Trước khi Super Eva tăng tốc để bay theo quỹ đạo dưới quỹ đạo về lại Nhật Bản, Shinji và Trois đã mở nắp khoang lái và thò đầu ra ngoài không khí lạnh lẽo, hoang tàn. Cảm giác này gợi cho Shinji nhớ lại lúc ở phía sa mạc của Lõi Táo, nơi diễn ra cuộc thử nghiệm ban đầu của Dự án Đồng hóa Nhân loại. Hành trình dài của Shinji sắp kết thúc. Và một hành trình còn dài hơn nữa sắp bắt đầu.
Mặt trăng sưng phồng dị hợm bắt đầu nhô lên ở phía đông.
Vòng tròn Longinus đã dài ra kể từ khi ngọn thương đâm xuyên qua Trái Đất và đánh cắp trái tim của Shinji. Khoảng cách giữa đầu và đuôi ngọn thương đang thu hẹp lại. Chẳng bao lâu nữa, chúng sẽ gặp nhau, và vòng tròn sẽ khép kín. Người ta nói rằng khi điều đó xảy ra, Trái Đất sẽ tận thế.
Kensuke đã không xuất hiện trở lại. Quyền Phó Tư lệnh Nerv Nhật Bản, Suzuhara Toji, đã bị thương ở Novaya Zemlya, và cánh tay cơ khí của anh được thay thế bằng một cánh tay được tái tạo từ chính mô của anh nhiều năm trước. Vẫn chưa thể đi lại, anh đang được đưa về Hakone trên một chiếc cáng, cùng với Trung tá Kasuga và đơn vị tiên phong của ông.
Trong khi mặt trăng phình to ra, Trái Đất lại co lại một cách đáng kể, và các biến dạng thường xuyên xảy ra trong lớp vỏ của nó. Địa lý đã thay đổi khắp nơi trên toàn cầu, nhưng sự biến đổi đặc biệt dữ dội ở miệng núi lửa Hakone. Nền của Bán đảo Izu đã sụt xuống vài trăm mét, và miệng núi lửa trở thành một hòn đảo giữa một eo biển mới hình thành, ngăn cách bán đảo cũ và đất liền Nhật Bản.
Nerv Nhật Bản tiếp tục tìm kiếm cô bé Rei Số Sáu, người đã bị lạc sau khi con Eva của cô tăng tốc vượt ra khỏi đường bay dưới quỹ đạo dự tính. Do các tuyến cáp thông tin ngầm dưới biển đã bị đứt, và các vệ tinh đã bay mất, nhân loại giờ đây phải dựa vào một mạng lưới máy bay tầng bình lưu cho gần như mọi hoạt động liên lạc. Nerv Nhật Bản đã hướng một vài ăng-ten của họ lên trời, đồng thời đàm phán với nhiều đài quan sát thiên văn khác nhau để giúp tìm kiếm Eva-00 Type-F Allegorica của Số Sáu.
Trong quá trình đó, họ đã bắt được một tín hiệu yếu ớt thuộc về vài chiếc máy bay không người lái trinh sát còn sót lại mà quân đội Châu Âu đã cho bay qua cổng của các Torwächter để xem chúng sẽ đi ra ở đâu. Tín hiệu phát ra từ mặt trăng.
Nhưng còn nhiều thay đổi hơn nữa đang diễn ra ở khu vực bị bỏ hoang bên dưới Tokyo-3.
Mực nước Hồ Ashi đã hạ xuống đáng kể, và giờ đây, nước hồ đang chảy vào Geofront bên dưới Trụ sở Nerv Nhật Bản.
Khuôn viên của trụ sở cũ đã được niêm phong dưới một mái vòm khổng lồ bằng bê tông tektite cứng. Tại đó, trong Central Dogma, Lilith đã chìm vào trạng thái ngủ đông. Ngay sau sự thất bại của Dự án Đồng hóa Nhân loại, Lilith đã tự cô lập mình khỏi thế giới bên trong một khối cầu khổng lồ. Hơn 150 người đã bị mắc kẹt bên trong không gian vô tận này, bao gồm cả cha của Shinji, Gendo, Tiến sĩ Akagi Ritsuko, và khoảng một tá binh sĩ thuộc lực lượng đặc nhiệm JSSDF đã tấn công trụ sở cũ. Trong ba năm, mọi thứ đã ngừng lại bên trong quả trứng đen này.
Nhưng nhiều năm chẳng là gì khi thời gian bị đóng băng. Đến một lúc nào đó, mọi người đều mặc nhiên cho rằng quả trứng sẽ ở đó mãi mãi.
Cho đến một ngày, nó đã biến mất.