BA đơn vị EVANGELION UNIT-0.0 đang bay trên quỹ đạo quanh Trái Đất. Từ trên cao nhìn xuống, đường chân trời khép lại thành một vòng tròn xanh biếc, gọn ghẽ trong tầm nhìn của chúng.
Vốn là các cỗ Eva Unit-00, chúng đã được tái thiết kế để hoạt động trong không gian, trang bị thêm Động cơ S² gắn ngoài nhằm thoát khỏi sự phụ thuộc vào nguồn năng lượng bên ngoài. Ba cỗ máy cách đều nhau 120 độ trên cùng một quỹ đạo, tạo thành ba đỉnh của một hình tam giác bao trọn lấy Địa Cầu.
Bên trong mỗi Eva-0.0 là một bản sao của Ayanami Rei. Chúng được nuôi dưỡng trong tử cung nhân tạo và được đánh số: Quatre, Cinq và Six. Giờ đây, chúng đang thiếp ngủ, mắt khép hờ, bên trong buồng lái của riêng mình. Giữa sự tĩnh lặng bao trùm, chúng chìm vào giấc ngủ yên bình, tựa như thời gian đã ngừng lại.
Một chất lỏng gọi là LCL nhẹ nhàng tuần hoàn trong buồng lái, cung cấp oxy cho phổi của các phi công. Mái tóc bồng bềnh trong dòng LCL, những cô gái trông như những con búp bê mỏng manh đang say ngủ trong bể nước. Trên ngực bộ giáp lái màu trắng là một cơ cấu cơ học bằng nhựa, chầm chậm siết vào rồi thả lỏng theo từng nhịp thở, hỗ trợ lá phổi của họ luân chuyển thứ chất lỏng đặc quánh này.
Tiếng máy bơm tuần hoàn khẽ rì rầm.
Tiếng động cơ S² gắn ngoài âm âm từ xa vọng lại khi đang chạy không tải.
Cùng với những cô gái, các cỗ Eva hợp thành một hệ thống giám sát và đánh chặn.
Và giấc ngủ lặng lẽ của các bản sao đồng nghĩa với việc thế giới đang trong cảnh thái bình.
Sau khi thất bại trong cuộc tấn công vào Tổng bộ Nerv, phần lớn xác của chín cỗ Eva sản xuất hàng loạt của Seele đã biến mất, hoặc là trong quá trình vận chuyển, hoặc là tại điểm đến. Kế hoạch Hợp nhất Nhân loại bị vô hiệu hóa, những cỗ Eva sản xuất hàng loạt mất tích này đã trở thành mối đe dọa lớn nhất đối với an ninh toàn cầu.
Ba cỗ Eva sản xuất hàng loạt được thu hồi từ chiến trường – Tổng bộ Nerv – và nhanh chóng bị tháo dỡ. Các kỹ sư của Nerv đã trục vớt Động cơ S² của chúng và sau đó lắp đặt lên lưng các cỗ Eva Series-00, vốn đã được cải tiến để hoạt động trong môi trường không trọng lực và chân không.
Những cỗ Eva mới này, được định danh là Series-0.0, được phóng lên quỹ đạo với nhiệm vụ tìm kiếm và tiêu diệt những cỗ Eva sản xuất hàng loạt còn lại.
Có lẽ có chút mỉa mai khi phải dùng chính những cỗ Eva vận hành bằng nguồn năng lượng thu hồi từ xác đồng loại của chúng cho nhiệm vụ này, nhưng dù sao đi nữa, Động cơ S² đã giải phóng các cỗ máy Series-0.0 khỏi dây cáp năng lượng và cho phép chúng hoạt động trong thời gian dài mà không cần hỗ trợ.
Khi có lệnh, các bản sao của Rei có thể thức tỉnh trong khoảng mười giây. Trong ba mươi giây, các cỗ Eva-0.0 có thể khởi động từ trạng thái chờ sang sẵn sàng chiến đấu. Và trong chín mươi giây, chúng có thể nhắm bắn bằng khẩu pháo laser tia gamma nòng dài, khai hỏa vào bất kỳ mục tiêu nào trong tầm nhìn – và cả một số mục tiêu ngoài tầm nhìn, vì tia laser có thể xuyên sâu tới 500 mét.
Bằng cách duy trì quỹ đạo cách đều nhau, ba cỗ Eva-0.0 giám sát toàn bộ bề mặt Trái Đất, tai mắt của chúng cảnh giác với mọi hình thức liên lạc.
Chúng là một mạng lưới tìm-và-diệt chống lại Thiên Sứ trên quy mô toàn cầu, được xây dựng bằng toàn bộ nỗ lực của Nerv – giờ đã được tái cấu trúc thành Nerv Nhật Bản – và người lãnh đạo của nó, Katsuragi Misato.
Từ trước đến nay, cộng đồng quốc tế vẫn chấp nhận sự tồn tại của các Evangelion, bởi dù sở hữu sức mạnh áp đảo, chúng suy cho cùng vẫn là những vũ khí mặt đất hoạt động từ một quốc đảo nhỏ, với phạm vi bị giới hạn trong biên giới quốc gia. Tuy nhiên, một khi đã ở trên quỹ đạo tầm thấp của Trái Đất, chính những vũ khí đó lại đại diện cho quyền bá chủ không phận tuyệt đối. Bất chấp những phản đối về việc xâm phạm chủ quyền, Tư lệnh Katsuragi vẫn đơn phương thúc đẩy chiến lược phòng thủ trên quỹ đạo của mình, được hậu thuẫn bởi sức mạnh thực sự – và mối đe dọa ngầm – của các cỗ Eva.
Misato đã rất cố gắng để nhấn mạnh, cả chính thức lẫn bằng văn bản, rằng mục tiêu duy nhất của nhiệm vụ là ngăn chặn sự hồi sinh của các cỗ Eva sản xuất hàng loạt. Nhưng những nỗ lực đó đều vô ích; các quốc gia trên thế giới không thể không xem đây là một mối đe dọa.
Kế hoạch Hợp nhất Nhân loại đã bị ngăn chặn. Nhưng điều gì sẽ xảy ra tiếp theo? Không ai có thể nói chắc.
Cựu Tư lệnh Nerv, Ikari Gendo, và Tiến sĩ Akagi Ritsuko đã biến mất trong trận chiến, cùng với những kẻ chủ mưu chính của kế hoạch. Phó Tư lệnh Fuyutsuki Kozo đã từ chức mà gần như không nói một lời. Nhưng ngay cả khi họ vẫn còn ở đó, họ cũng chẳng thể nắm bắt tương lai rõ hơn bất kỳ ai. Đây là một vùng đất chưa ai từng đặt chân đến.
Mặc dù thế giới đang dần bước vào thời kỳ hòa bình, sự cảnh giác đôi khi vẫn cần đến vũ lực, ngay cả khi không còn mối đe dọa từ các Thiên Sứ. Dưới sự chỉ huy của Misato, các nhân viên của Nerv Nhật Bản, và tất cả những ai liên quan đến việc sử dụng và phát triển Evangelion, đều nhận thức sâu sắc rằng thế giới bên ngoài ngày càng căm ghét họ. Dù vậy, họ vẫn bám víu vào hy vọng rằng mọi lo lắng và sự chuẩn bị của mình sẽ trở nên vô ích.
Ba năm đã trôi qua kể từ Trận chiến tại Tổng bộ Nerv, và đó là ba năm mà cả Nerv lẫn thế giới đều cần đến.
Ba cỗ Eva-0.0 lơ lửng trên Trái Đất, đầu hướng xuống dưới và những tấm dù che hướng về phía mặt trời. Trong khi bay, chúng quét các vùng rìa của khí quyển bằng những cảm biến mạnh mẽ trong đầu và các cụm thu tín hiệu trên vai. Chúng truyền dữ liệu thu thập được về Tổng bộ Nerv Nhật Bản, trong khi vẫn mang theo những Rei đang nửa tỉnh nửa mê bên trong.
Cơ thể vật lý của Ayanami Rei có thể được nhân bản từ DNA của cô, nhưng tại một thời điểm chỉ có thể có một Ayanami Rei mang ý thức.
Đây dường như là quy luật; Rei thứ ba và hiện tại chỉ thức tỉnh sau khi Rei thứ hai hy sinh trong trận chiến với Thiên Sứ Armisael.
Nhưng những Rei vô hồn được nuôi cấy trong ống nghiệm lại thể hiện một sự đồng bộ kỳ lạ trong chuyển động và hoạt động não bộ với Rei thứ ba – người sở hữu linh hồn. Nghiên cứu sâu hơn đã dẫn đến một phương pháp phản chiếu tâm trí, cho phép Rei điều khiển các bản sao của mình.
Rei hiện tại được đặt một con số – Number Trois – và trở thành Rei chủ thể, với ba bản sao vô hồn – Number Quatre, Number Cinq và Number Six – là các bản thể phụ, những người mà cô có thể điều khiển như phần nối dài của tay chân, giác quan và suy nghĩ.
Khả năng này là kết quả của việc rèn luyện chứ không phải công nghệ, và hiện tại, không có phương pháp nào được biết đến có thể cắt đứt kết nối của họ. Hơn nữa, sự giao tiếp giữa các Rei diễn ra tức thời, mang lại cho họ lợi thế khác biệt là có thể phản ứng nhanh chóng với bất kỳ tình huống khẩn cấp nào.
Có một cái giá phải trả – việc duy trì ý thức của bốn sinh thể chỉ bằng một linh hồn đã bào mòn Rei chủ thể. Và vì vậy, ba bản sao vẫn ở trong trạng thái ngủ nhẹ.
Bằng cách tưởng tượng mình đang chuyển giao ý thức, Rei Trois có thể đánh thức các bản sao trên quỹ đạo từ mặt đất theo ý muốn.
Cách đây không lâu, Rei Trois đã lần lượt cho các cỗ Eva Series-0.0 hạ cánh tại Trung tâm Vũ trụ Tanegashima, nơi chúng được trang bị lại bộ giáp kiềm chế nâng cấp trước khi phóng trở lại quỹ đạo.
Ngay cả trong quá trình đó, những lính gác này vẫn ở trạng thái nửa tỉnh nửa mê, trừ khi Rei Trois muốn họ thức dậy.
Ba bản sao cũng chia sẻ giác quan và có thể hình thành ký ức từ trải nghiệm của những người khác.
Sự sắp đặt này là một hệ thống 「một cộng ba」 nhưng chỉ có một linh hồn.
Sẽ không còn đứa trẻ nào bị biến thành phi công Eva nữa. Đây không chỉ là quyết định của Nerv Nhật Bản mà còn là hy vọng cá nhân của Rei. Tính đến năm nay, tất cả những đứa trẻ mười bốn tuổi được chọn để lái Eva, bao gồm cả Rei, giờ đã mười bảy.