Mọi chuyện đã không diễn ra như dự tính.
Đó vốn dĩ sẽ là hồi kết của nhân loại, khi tất cả không còn là những cá thể riêng biệt nữa. Geofront đã mở toang cánh cổng lên bầu trời, nhưng vòng vây của những Evangelion sản xuất hàng loạt lại siết chặt quanh Eva-02 chứ không phải Eva-01 của Shinji.
Ngay khi nghi thức cuối cùng của Kế hoạch Hoàn thiện Nhân loại bắt đầu, với Asuka và cỗ Evangelion của cô làm trung tâm, thì Eva-01, sau một trận chiến cam go chống lại lực lượng địch tấn công Tổng bộ Nerv, đã xuất hiện và phá vỡ nghi lễ này.
Cây Sự Sống, thứ vật chất hóa trên bầu trời khi Ngọn giáo Longinus đâm xuyên qua Eva-02, giờ đây đã tan vỡ. Kế hoạch Hoàn thiện Nhân loại đã bị chấm dứt bởi chính bàn tay của Shinji.
Đây là nơi ANIMA bắt đầu.
Eva-01 khum hai bàn tay lại, như thể đang vốc nước, rồi nâng lên hướng về bầu trời trong xanh. Từ góc nhìn của Katsuragi Misato dưới mặt đất, cử chỉ của người khổng lồ trông như một lời nguyện cầu.
「Con đang cầm gì vậy?」 cô hỏi, rồi gọi, 「Shinji-kun?」
Nhận ra mình được hỏi, phi công của Eva-01 đáp lời qua loa ngoài.
<<Con tìm thấy ruộng của Kaji-san—ruộng dưa hấu của chú ấy.>>
Trong trận chiến tại Tổng bộ Nerv, trần vòm của Geofront đã sụp đổ xuống lòng đất, không gian yên bình dưới lòng đất bị tàn phá bởi bom đạn—do Lực lượng Phòng vệ Chiến lược Nhật Bản gây ra—và những luồng gió lốc từ bầy Evangelion sản xuất hàng loạt.
Việc mảnh ruộng dưa hấu còn sót lại quả thực không khác gì một phép màu.
Vụ sụp đổ đã phủ lên mặt đất một lớp bụi và mảnh vụn màu tro, là những mẩu vỡ từ trần bọc thép và các tòa nhà của thành phố bên trên. Chỉ nhờ may mắn mà khoảnh đất này mới có thể được nhận ra—một vòi nước tưới cây bị vỡ đang phun lên một cột nước cao.
Shinji nhẹ nhàng gạt lớp bụi đi và thấy lá và dây dưa hấu vẫn còn sống.
Trước trận chiến, cậu phi công nhỏ tuổi này đã thay mặt người chủ vắng nhà để chăm sóc cho mảnh ruộng.
<<Chắc con không nên trồng lại ruộng ở chỗ cũ đâu nhỉ?>>
「Thành thật mà nói thì không.」 Misato chỉ tay về phía mái vòm bê tông đang được thi công, thứ sẽ sớm bao bọc lấy Tổng bộ Nerv cũ và khu vực xung quanh. 「Một khi mái vòm hoàn thành, sẽ không còn bầu trời nữa. Và nếu không có các tấm gương phản chiếu, ánh mặt trời sẽ không thể rọi xuống đây. Sau khi Tổng bộ mới trên mặt đất được xây xong, Geofront sẽ bị niêm phong.」
<<Vâng, con cũng đoán vậy. Thế nên con sẽ dời mảnh ruộng lên trên mặt đất.>>
「Ryoji nói gì về ý tưởng đó?」
<<Chú ấy bảo con cứ làm bất cứ điều gì con muốn.>>
Chú ấy còn nói thêm, 「Suy cho cùng, lựa chọn của con đã tạo ra thế giới này.」 Nhưng Shinji đã không kể ra phần đó.