Ba Evangelion Unit-00 bay quanh quỹ đạo của Trái Đất. Từ độ cao này, đường chân trời tạo thành một cái dĩa màu xanh vừa khít với tầm quan sát của chúng.
Các Unit-00 cũ đã được tái thiết lại để hoạt động trong vũ trụ, kèm theo các động cơ S2 gắn sau lưng để loại bỏ sự phụ thuộc vào nguồn năng lượng bên ngoài. Được chia đều 120 độ trên cùng một quỹ đạo, cả ba Unit-00 tạo thành một thế trận tam giác bao phủ toàn bộ địa cầu.
Mỗi Unit-00 mang bên trong một bản sao của Ayanami Rei. Họ đã được nuôi cấy bằng các tử cung nhân tạo và được chỉ định số hiệu: Quatre (Bốn), Cinq (Năm) và Six (Sáu). Giờ đây, họ chìm trong cơn mê, với đôi mắt nửa nhắm, trong khoang lái của riêng họ. Họ đắm mình trong giấc ngủ thanh bình, như thể thời gian đã cô đọng lại xung quanh họ.
Một loại dịch lỏng tên LCL được lưu thông chậm rãi trong khoang lái để cung cấp oxi cho phổi của các cô gái. Trông họ như những con búp bê mong manh đang yên vị trong những buồng thuỷ sinh của họ, mái tóc bồng bềnh theo dịch LCL. Phần ngực của những bộ plugsuit trắng được tích hợp một loại nhựa đàn hồi có thể co dãn theo nhịp thở để giúp chất dịch lưu thông qua phổi dễ dàng hơn.
Những chiếc van tuần hoàn thở ra những tiếng ro ro mờ nhạt.
Các động cơ S2 ngân nga những tiếng động xa vời.
Cùng vời những bản sao của Rei, các đơn vị Eva tạo thành một hệ thống theo dõi và can thiệp toàn cầu.
Và giấc ngủ của những cô gái là dấu hiệu thế giới hiện đang hoà bình.
Phần lớn những cái xác của chín con MP Eva do Seele tạo ra để tấn công Trụ sở NERV đã mất tích sau trận thua của chúng. Những cái xác biến mất một cách bí ẩn trên đường vận chuyển hoặc ở điểm đến của chúng. Sau khi Dự Án Cải Hoàn bị vô hiệu hoá, những con MP Eva mất tích nghiễm nhiên trở thành mối đe doạ lớn nhất với nền hoà bình thế giới.
Ba trong chín cái xác trên chiến trường đã được NERV giam giữ lại – và nhanh chóng tháo huỷ ra. Những kĩ sư của NERV đã giữ lại các lò S2 của chúng để lắp đặt vào lưng của các đơn vị Eva-00, nay đã được tái thiết lại để vận hành trong môi trường vô trọng lực và vô khí quyển.
Những đơn vị Eva mới, với chỉ danh Series-0.0, được đẩy lên quỹ đạo với nhiệm vụ phát hiện và tiêu diệt những con MP Eva còn sót lại.
Có một sự trớ trêu ít nhiều khi sử dụng những đơn vị Eva vận hành bằng chính nguồn năng lượng lấy từ tử thi của đồng loại của chúng, tuy vậy, những động cơ S2 đã giải phóng Series-0.0 khỏi sợi dây cáp và ban cho chúng khả năng hoạt động độc lập trong thời gian dài.
Khi được chỉ thị, những bản sao của Rei có thể thức tỉnh trong vòng 10 giây. 30 giây sau, các Eva-00 có thể chuyển từ trạng thái nghỉ sang tư thế sẵn sàng chiến đấu. Và sau 90 giây nữa, chúng có thể ngắm bắn với khẩu đại trường pháo Gamma và khai hoả lên bất cứ mục tiêu nào – dù trong tầm ngắm hay không, vì chùm tia Gamma có thể xuyên thủng vật cản tới 500 mét.
Bằng cách chia đều khoảng cách quỹ đạo giữa ba Eva-00, chúng có thể giám sát toàn bộ bề mặt Trái Đất, với tai mắt luôn cảnh giác với mọi tín hiệu liên lạc.
Chúng tạo nên một mạng lưới tìm-và-diệt Thiên Thần toàn cầu, được xây dựng bằng tất cả nguồn lực của Nerv – nay được tái biên chế thành Nerv Nhật Bản – và chỉ huy Misato Katsuragi.
Đến nay, cộng đồng toàn cầu đã nhân nhượng cho sự tồn tại của các đơn vị Evangelion vì cho dù sở hữu tiềm lực cực lớn, chúng rốt cuộc chỉ là những thứ vũ khí trên bộ với tầm hoạt động giới hạn bởi biên giới và chịu sự điều khiển của một quốc đảo nhỏ bé. Nhưng một khi ở tầm cao dưới quỹ đạo, những thứ vũ khí đó sẽ hoàn toàn làm chủ không trung. Gạt bỏ sự phản đối dữ dội về việc xâm phạm chủ quyền, Chỉ huy Katsuragi đơn phương kiến nghị kế hoạch phòng vệ quỹ đạo một cách kiên quyết, với sức mạnh – và sự răn đe – của các Evangelion chống lưng.
Misato cật lực nhấn mạnh, bằng cả thủ tục chính thống và văn kiện, rằng mục đích duy nhất của nhiệm vụ này là ngăn chặn sự trỗi dậy của các MP Eva. Nhưng công sức của cô dường như đã đổ sông đổ bể, vì các quốc gia chỉ đơn thuần xem nó như một mối nguy tiềm tàng.
Dự Án Cải Hoàn đã thất bại. Nhưng tiếp theo sẽ tới thứ gì? Không một ai có thể trả lời được.
Cựu Chỉ huy Nerv Gendo Ikari và Tiến sĩ Ritsuko Akagi đã mất tích trong trận chiến, cùng với những kẻ chủ mưu của kế hoạch. Phó chỉ huy Koyo Fuyutsuki thì lẳng lặng từ chức mà không hé một lời. Nhưng cho dù họ vẫn còn ở đây, thì họ cũng không thể đoán được tương lai sẽ ra sao. Đây là thời điểm hoàn toàn vô định.
Tuy thế giới đang dần trở lại thời bình, sự cảnh giác đôi khi cần tới vũ lực, cho dù các Angel không còn là mối nguy nữa. Dưới sự chỉ đạo của Misato, các nhân viên ở Nerv Nhật Bản, cùng tất cả các nhân sự liên quan đến việc nghiên cứu và sử dụng Evangelion, đều biết rõ rằng thế giới bên ngoài đều căm ghét họ nhiều hơn với mỗi ngày trôi qua. Dù vậy, họ vẫn bám víu lấy hy vọng rằng mọi sự cẩn trọng và chuẩn bị này đều sẽ trở nên vô nghĩa.
Ba năm thấm thoát trôi qua, và đó là ba năm trọng yếu mà cả Nerv và thế giới đều rất cần.
Ba Unit-00 lơ lửng phía trên Địa cầu với đầu của chúng chúi xuống và phần lọng hướng về phía mặt trời. Trên đường bay, chúng quét khắp bầu khí quyển, sử dụng những thiết bị cảm biến siêu nhạy cùng với hàng loạt thụ quan gắn trên vai. Những thông tin chúng thu thập được gửi về Nerv Nhật Bản. Tất cả mọi thứ diễn ra khi các bản sao của Rei đang ngủ bên trong.
Thể chất của Rei có thể được nhân bản từ gen của cô bé, nhưng chỉ có một Ayanami Rei được phép có ý thức tại bất kì thời điểm nhất định.
Đây dường như là một luật lệ bất thành văn: Rei thứ ba và cũng là Rei hiện tại không hề thức tỉnh cho đến khi Rei thứ hai hy sinh trong trận đánh với Thiên thần Armisael.
Nhưng những bản sao Rei vô hồn, được thụ tinh trong ống nghiệm biểu lộ một sự đồng nhất về cử chỉ và hoạt động điện não với Rei thứ ba – bản thể có linh hồn. Nghiên cứu kĩ hơn đã dẫn đến một phương pháp cho phép Rei điều khiển các bản sao của mình qua một cầu nối tinh thần.
Bản thể Rei hiện tại cũng được đặt cho một con số - Trois (Số ba) – và trở thành Rei chính thể, với ba bản sao – Quatre, Cinq và Six – làm phụ thể. Rei Trois có thể điểu khiển hành động, giác quan và suy nghĩ ngoại diên của các phụ thể của cô.
Khả năng này có được là nhờ sự tập luyện gian nan chứ không phải là thành tựu khoa học, và hiện tại thì không có cách nào có thể chia cắt được mối liên kết tâm linh này. Thêm nữa, các bản thể giao tiếp với nhau một cách tức thời, tạo nên một lợi thế đặc biệt để có thể phản ứng thần tốc với bất kì trường hợp khẩn cấp nào.
Nhưng trong cái lợi thì có cái nguy – đó là duy trì ý thức của bốn cá thể chỉ với một linh hồn sẽ rút kiệt sức lực của Rei chính thể. Đó là lí do ba bản sao của Rei luôn được giữ hôn mê.
Bằng cách tưởng tượng sự chuyển giao ý thức, Rei Trois có thể đánh thức các bản sao trên quỹ đạo khi cô muốn.
Không lâu trước đó, Rei Trois đã điều khiển từng đơn vị Eva-00 tiếp đất ở Trạm Không gian Tanegashima để trang bị bộ giáp cưỡng chế mới cho chúng trước khi phóng chúng trở lại quỹ đạo.
Và trong lúc quá trình đó diễn ra, ba bản sao của Rei vẫn chìm trong giấc ngủ, trừ khi Trois đánh thức chúng.
Hệ thống này được gọi là “nhất liên tam” nhưng chỉ với một linh hồn.
Sẽ không có một đứa trẻ nào trở thành người lái Eva nữa. Đây không chỉ là quyết định của Nerv mà còn là ý nguyện của cá nhân Rei. Tính đến năm nay, các phi công Eva, tính cả Rei, đã bước sang tuổi 17.